針灸推拿康復學院是云南中醫學院的二級教學部門之一，目前承辦針灸推拿學和康復治療學兩個專業。針灸推拿學專業于1985年開始招生，康復治療學專業于2012年招生。針灸推拿學專業為云南省省級特色建設專業、云南省省級綜合改革試點建設專業。推拿學為國家中醫藥管理局中醫藥重點學科，針灸學為云南省省級重點學科，針灸推拿學為云南省“中醫學一級學科博士學位點”建設單位主要方向之一。針灸推拿學專業2000年獲批碩士學位授權點，中西醫結合康復學2015年獲中西醫臨床碩士學位下屬二級學科授權點。學院重視學生臨床實踐能力的培養，著力彰顯中醫特色，積極創新教學方法，不斷提升人才培養質量，使學生的就業競爭力不斷提高，近3年研究生的就業率均為100%，本科生就業率分別為93.5％，97.6％, 98.2％。
 
學院設黨政辦公室、教學科研管理辦公室、研究生培養及學科管理辦公室和學生工作辦公室等4個職能科室，設經絡腧穴學、實驗針灸學、針灸臨床、推拿基礎、推拿臨床、康復治療學6個教研室。有專任教師51人，其中專職教師38人，兼職13人，專職教師中博士學位的7人，碩士學位的21人；正高7人，副高6人，中職16人，有碩士研究生導師28人。截止2017年2月，有在校學生1937人，其中全日制本科生1818名，碩士研究生119名。