云南農業大學動物醫學院的前身是國立云南大學農學院畜牧系，始創于1950年，1960年在小哨建立云南畜牧獸醫學院，1961年云南畜牧獸醫學院、昆明農學院和昆明林學院三個學校合并為昆明農林學院小哨分院，1964年遷至昆明農林學院本部黑龍潭成立畜牧獸醫系，1969年搬遷至大理賓川縣，1970年遷至尋甸縣，1971年2月昆明農林學院畜牧獸醫系與云南農業勞動大學畜牧獸醫系合并成立云南農業大學畜牧獸醫系，1979年由尋甸縣遷至昆明市黑龍潭旁，1995年成立云南農業大學動物科學技術學院，2017年7月成立云南農業大學動物醫學院。學院下設基礎獸醫學系、預防獸醫學系、臨床獸醫學系3個系，有1個動物醫學實踐教學中心、1所學院附屬動物醫院。學院以本科教育為主，同時積極拓展研究生教育，2018年有全日制在校本科生744人，學術碩士研究生108人。
學院現在編教職工53人，學科62人，其中教授16人、副教授16人，碩士生導師27人，博士生導師3人，高級實驗師5人，獲博士學位27人，碩士學位人24人，云嶺學者1人，云南省中青年學術和技術帶頭人及后備人才 3人，云南省學術技術創新人才1人，基礎獸醫與預防獸醫學省級重點學科帶頭人1人，教育部骨干教師1人，新中國60年畜牧獸醫科技貢獻獎（杰出人物）1人，云南省教學名師 1人，云南省高層次人才特支高校教學名師1人，云南省創新團隊 1個，云南省高校創新團隊 3個，國務院全國獸醫專業學位教學指導委員會委員 1人，產業技術體系崗位專家3人。云南省院士工作站 2個，云南省專家工作站 1個。
2001年基礎獸醫學與預防獸醫學獲省級重點學科，2003年被批準為獸醫專業學位授權點，獸醫專業2007年被列為云南省重點建設專業、2009年列為云南省特色專業建設，2010年獸醫學科被國務院學位辦列為一級學科學術學位碩士授權點，涵蓋預防獸醫學、臨床獸醫學、基礎獸醫學、獸醫公共衛生學4個二級學科碩士點和獸醫專碩，2010年動物醫學專業實驗教學中心被列為云南省高校本科實驗示范教學中心進行建設，2011年獸醫學被列為云南省“十二五”優勢特色重點學科，2016年獸醫專業被列為云南省品牌專業建設。
學院圍繞云南高原特色養殖業中的動物健康、獸醫公共衛生問題和學科前沿領問題開展科研工作，同時利用動物基因編輯和體細胞克隆技術，開展人類重大疾病動物模型的構建及異種器官移植的研究，形成了明顯的區域研究優勢和特色，并取得了一系列突破性重要成果。魏紅江教授團隊2013年獲得世界第一頭孤雌生殖克隆豬，該成果2013年被評為云南十大科技進展，2017年逆轉錄病毒失活克隆豬成果以封面文章在國際頂級期刊《Science》上發表。
2010年以來承擔國家及省部級等科研項目124項，科研經費8291.5萬元。其中國家級35項（1725.8萬元），國家自然科學基金項目 31項（1397.8萬元），973計劃項目1項，國家重點研發計劃子課題3項，云南省基礎研究計劃重大項目 1項，云南省對外科技合作計劃 1項，云南省基礎研究計劃重點項目4項，校企等橫向項目30項。2010--2018年發表學術論文636篇，其中在Science、Cell和Plos Biology等國際頂級期刊上發表SCI學術論文141篇，單篇最高IF為41.058。主編、參編教程57部，獲授權專利34項，科技成果獎14項（教學科研獎3項），含云南省自然科學二等獎（排名第一）1項，云南省自然科學三等獎（排名第一）2項，湖南省技術發明一等獎（排名第四）1項。
學院秉承“開學養正、耕讀至誠”的精神，踐行“厚德博學、明理尚農”的校訓，堅持新時代中國特色社會主義思想辦學方向，以本科教育為重點，以學科和科研平臺建設為龍頭，進一步凝練學科發展方向，大力提高研究生教育，把強化學生專業素質教育和創新能力培養作為辦學目標，把培養高素質、復合型動物醫學人才作為學院的使命，努力把學院建成為綜合實力處于全國高等農林院校同類學院中有影響力的教學科研型學院，為云南高原特色農業發展做出更大的貢獻。