馬克思主義學院是直屬學校領導的二級教學和管理機構，是學校馬克思主義理論學科點的依托單位。其前身為云南農業大學馬列主義教研室，1991年改建為社會科學部，1993年更名為人文社會科學部，2001年成立人文社會科學學院，2011年4月獨立設置思想政治理論教研部，2013年5月更名為馬克思主義學院。
學院主管全校本科生、碩士研究生和博士研究生思想政治理論課的改革與建設。面向本科層次開設全校公共課《馬克思主義基本原理概論》、《中國近現代史綱要》、《毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論》、《思想道德修養與法律基礎》、《形勢與政策》及相關選修課程。面向碩士研究生、博士研究生開設公共課《自然辯證法》、《中國特色社會主義理論與實踐研究》、《中國馬克思主義與當代》。
學院現有教職工37人，其中教授3人，副教授18人，講師15人，助館1人。學院下設5個教研室、3個研究所（中心）、3個辦事服務機構。5個教研室：馬克思主義基本原理概論教研室、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論教研室、中國近現代史綱要教研室、思想道德修養與法律基礎教研室、形勢與政策教研室。3個研究所（中心）：科學技術史研究所、馬克思主義與“三農”問題研究中心、南亞東南亞政黨研究中心。3個辦事服務機構：黨群辦公室、綜合辦公室、學位與研究生教育辦公室。
學院有科學技術史一級學科碩士點1個，有馬克思主義基本原理、科學技術史、中國地方農業科學技術史、少數民族科學技術史二級學科碩士點授權點4個，在校碩士研究生60多人。
學院明確提出以教學為本、科研為支撐、學科為龍頭、師資為核心、黨建為保障的辦院思路，積極推進教學研究型學院建設，通過全院教師的共同努力，在教學改革、科研立項、隊伍建設、黨建工作等方面取得了顯著的成績。