2002年3月，經重慶市教委批準，成立了重慶醫科大學生物醫學工程系（2011年5月更名為重慶醫科大學生物醫學工程學院）。現實行學院、超聲醫學工程研究所、省部共建國家重點實驗室等一體化管理。
重慶醫科大學于1990年7月獲生物醫學工程碩士學位授予權，2003年8月獲生物醫學工程博士學位授予權（一級學科，自主設置了6個二級學科）。學院現有五年制生物醫學工程專業（醫療器械方向）本科專業，依托產學研用平臺，學院重視學生創新能力和綜合素質培養，學生畢業后在醫工結合的交叉領域從事醫療設備的使用、維護和管理工作。現已經形成了生物醫學工程本科—碩士—博士—博士后完整的人才培養體系。
30余年來，學院潛心于“高強度聚焦超聲(HIFU)技術”的工程理論與臨床研究，解決了阻礙HIFU治療技術發展的難題，即HIFU在組織內聚焦規律及劑量學等，首次提出“生物學焦域”概念等理論。通過對HIFU治療系統的優化、生物學效應研究、治療劑量研究、組織聲環境以及改變組織聲環境研究等，初步建立了超聲治療的基礎理論體系。初步建成了超聲治療領域學術、技術交流的平臺。經過多年的發展，形成穩定的科研方向，包括強聲學與生物學效應、多模態影像監控與智能精準治療、超聲治療臨床研究與大數據等。
近年來，學院先后承擔了100余項國家和地方科研項目，包括國家重大儀器設備專項、國家973計劃項目、國家十一五和十二五科技支撐計劃項目、國家自然科學基金委重點項目、杰出青年基金項目及多個面上項目、教育部創新團隊發展計劃項目等國家級項目，已獲準經費1億余元。在國內外刊物上公開發表學術論文1000余篇，其中SCI論文100篇，主編了《治療超聲原理與應用》、《實用超聲治療學》、《臨床超聲治療學》等專著，參編了第四、第五版《超聲醫學》HIFU篇章、《現代介入性超聲診斷與治療》、《微無創醫學叢書——子宮肌瘤》。已獲2010年國家科技進步二等獎、2000年國家技術發明二等獎、“九五”國家重點科技攻關重大科技成果等、2000年重慶市科技進步一等獎、2005年重慶市技術發明一等獎、2009年重慶市科技進步一等獎等。2001年5月，“首屆HIFU在醫學中的應用國際研討會”在中國重慶召開；2009年10月“首屆超聲無創治療國際高峰論壇”在中國重慶召開；2013-2019年，在中國重慶先后召開了第1-4屆“微無創醫學長江高峰論壇”，這標志著中國重慶在HIFU領域的基礎和臨床應用研究已走在了世界前列。
迄今為止，學院研制的具有我國自主知識產權的“海扶超聲聚焦刀”等系列超聲治療設備已在全國2000余家醫院投入使用，并遠渡重洋落戶德國、英國、日本、韓國、新加坡等26個國家，成功治療了各類患者200萬余例。
目前，學院云集了一批多學科交叉、醫工結合的科研隊伍，擁有國家重大儀器專項首席科學家1人，973計劃首席科學家1人，人事部百千萬人才人選2人，杰出青年基金獲得者1人，全國杰出專業技術人才1人、教育部跨世紀（新世紀）人才支持計劃獲得者2人，國際超聲治療學會常務理事1人，中國生物醫學工程學會副理事長1人等高層次人才。現有博士生導師6名，碩士生導師12名，本科生專業教師30余名，專業涉及生物醫學工程、腫瘤學、超聲治療學、電子學、計算機學、材料學、機械學等。已培養碩士研究生500余名、博士研究生50名、博士后30名，在校本科生200余名、碩士研究生100名、博士研究生20名、博士后15名。
今天，微無創醫學領域方興未艾，學院作為超聲治療核心技術的領跑者和推動者，將以超聲治療技術為代表的微無創醫學事業發展做出更大的貢獻！