重慶醫科大學中醫藥學院組建于2001年，是重慶市唯一的中醫藥高等教育基地，其前身主要系由1951年西南軍政委員會衛生部創辦的重慶中醫進修學校，曾先后更名為四川省重慶中醫學校、重慶市中醫學校，學院組建時該校為國家中醫藥管理局重點中醫學校，曾被時任衛生部副部長兼國家中醫藥管理局局長胡熙明譽為“中醫黃埔”。我國著名中醫藥學家魯之俊、任應秋、吳棹仙、冉雪峰、胡光慈、沈仲奎等曾在校執教和任職。學院組建以來，得到了快速的發展。
學院以培養高層次中醫藥人才為主體，緊緊圍繞中醫學、中西醫結合醫學、中藥學三個一級學科，充分應用重慶醫科大學醫學、理學、工學、管理學、文學、法學等學科門類的整體優勢，培養包括本科生、碩士生、留學生在內的高等中醫藥專業人才。辦學類型涉及普通高等教育、成人高等教育、繼續教育、對外中醫藥教育等多種形式，形成了以人才培養高層次、教育教學特色化為發展方向的中醫藥高等教育體系。
學科專業
現有2個一級學科碩士學位授權點（中醫學、中西醫結合）、15個二級學科碩士學位授權點；2個省級重點一級學科（中醫學、中西醫結合）、15個省級重點二級學科、1個國家中醫藥管理局重點學科（中西醫結合臨床）、1個重慶市中醫藥重點學科（中醫內科學）；1個重慶市實驗教學示范中心（重慶醫科大學中醫藥實驗教學中心）；1個重慶市特色專業（中醫學）；7個本科專業及方向（中醫學、針灸推拿學、中西醫結合、中醫康復治療學、中醫骨傷科學、中藥學、中藥制藥學）；2個成人高等教育本科與專科專業（中藥學、中西醫臨床醫學）。
教學、科研機構與基地
設有7個中醫藥教研室（中醫學基礎、中醫臨床基礎、中醫臨床、中醫骨傷、針灸推拿、中藥方劑、中藥綜合）、1個重慶市中醫藥實驗教學示范中心、1個重慶市科委中藥產業聯盟研究基地、1個中醫藥研究室、1個藥用植物園、25個中醫臨床和中藥實踐教學基地。
師資隊伍與人才培養
學院擁有一批知名的中醫藥教學、科研和臨床專家。重慶市名中醫1人，重慶市學術和技術帶頭后備人選1人，重慶市中醫藥學會副會長1人，重慶市中西醫結合學會副會長1人，重慶市針灸學會副會長1人，重慶市中醫藥行業協會副會長1人，各學會副秘書長及常務理事8人，各學會專業委員會副主任委員以上15人。有中醫藥類專業教師50人，碩士研究生導師15人，教授7人，副教授22人，具有博士7人（不包括在讀6人），碩士39人，碩士以上教師比例達80%以上。學院現有在校本科學生近2000人，碩士研究生50余人。
教學及科研
近五年來，學院獲得包括國家自然科學基金在內的廳局級以上科研課題120余項、省級與廳級科研成果9項，發表學術論文500余篇。主編全國高等中醫藥教材10部、副主編和參編教材50余部。出版專著35部，出版譯著1部；主辦的《實用中醫藥雜志》為《CAJ-CD規范》執行優秀期刊、中國核心期刊數據庫收錄期刊。
學院堅持“立足繼承，重在創新，促進中醫藥學發展”的宗旨，繼續以提高教育教學質量為核心，努力探索西醫院校中醫藥高等教育發展模式，著力突出辦學特色，以造就高素質創新型中醫藥人才為目標，努力構建以培養高層次人才為主體的中醫藥高等教育體系；以建設重點學科為龍頭，努力打造優勢突出、覆蓋面廣的中醫藥學科與專業體系；注重辦學的開放性，廣泛進行中醫藥國際交流，努力推進中醫藥國際化進程。
“嚴謹、求實、勤奮、進取”的重慶醫科大學中醫藥學院將在弘揚祖國傳統醫學的諸多領域乘風破浪，揚帆奮進！