中山大學環境科學與工程學院成立于2002年10月，其前身是創建于1929年的中山大學地理學系。此后，1974年開始招收環境保護方向的大學生，1979年環境科學研究所成立，1993年環境科學系成立。2002年10月，中山大學整合原地球與環境科學學院中的環境科學系、大氣科學系和環境科學研究所等學科機構，成立了環境科學與工程學院，同年12月環境工程系成立。2005年12月，廣東省環境污染控制與修復技術重點實驗室獲準立項，并于2008年12月順利通過驗收。2009年學院組建新的環境科學研究所和實驗中心，同年9月學院主體進駐大學城中山大學東校區。2015年，環境大樓在東校區新建落成。
目前學院下設環境科學系、環境工程系、環境科學研究所、實驗中心、環境工程研究中心等5個教學與研究機構，同時擁有廣東省環境污染控制與修復技術重點實驗室、廣東省清潔生產技術中心、廣東省水污染控制工程技術研究中心、廣東省土壤重金屬污染修復工程技術中心、廣東省室內空氣污染控制工程技術研究中心、廣東省廢棄物3r工程技術研究中心、粵港空氣污染控制研究中心等7個省級科研平臺。學院在相關領域學科門類齊全，建立了從本科、碩士到博士的完整的人才培養體系。在本科教育方面，有環境科學、環境工程2個本科專業；在研究生教育方面，擁有環境科學、環境工程、工程碩士（環境工程）3個碩士點和環境科學、環境工程2個博士點。其中環境科學與工程專業具有一級學科博士學位授予權，并設立了環境科學與工程博士后科研流動站。
學院師資力量雄厚，現有教授29名、副教授32名、高級工程師1名、講師5名、工程師6名。承擔了大量包括國家“863”項目、“973”項目、國家自然科學基金重點項目等各類科研計劃項目。具有甲級建設項目環境影響評價資質證書和環境工程設計資質證書。學院堅持厚基礎、促融合、重應用的人才培養理念，注重培養專業基礎扎實、視野寬廣、創新能力強的人才。截止2019年12月，學院現有全日制在讀學生為825人，其中本科生429人，研究生396人。學院十分重視對外交流與合作，先后與英國、美國、加拿大、澳大利亞、德國、法國、日本、新加坡等國家及港澳臺地區的高校、研究機構等建立了密切的學術交流與科研合作關系。