環境工程專業隸屬于環境科學與工程一級學科。1987年開始招收本科生（原江漢石油學院），是當時石油院校中第一個獲教育部批準招收環境工程本科專業院校。2003年經教育部批準組建長江大學，由原江漢石油學院、湖北農學院等相關環境專業整合組建環境工程系。2003年獲批“環境工程專業”二級學科碩士點；2011年獲批“環境科學與工程”一級學科碩士點（含環境工程、環境科學專業）。
環境工程系現有教職工12人，其中教授5人，副教授2人，博士6人，碩士3人，碩士生導師5人,博士生導師1人。承擔研究生、本科生課程36余門，現有全日制在校學生230人(含碩士研究生)，其中本科生218名，碩士研究生12名。
環境工程系技術力量雄厚，儀器設備先進。實驗室總面積1000多平方米，實驗儀器設備總價值350多萬元。擁有國家石油石化污染物控制與處理重點實驗室、中國石油HSE重點實驗室、中央與地方共建環境化學研究中心、校企共建的微生物采油湖北省工程研究中心、校級油氣田環境保護研究所、校級農村環境保護咨詢服務中心。承擔國家重點攻關項目、省部級重點攻關項目10余項，先后獲得省部級科技進步一等獎2項，二等獎2項，三等獎2項，獲批專利10余項。在國內外公開出版的刊物上發表論文近200篇，其中SCI、EI收錄30余篇，出版專著5部。
環境工程系主要研究方向：油氣田環境保護、水處理技術、石油環境微生物技術、能源環境科學、農業環境保護技術、固體廢物處理與處置等。