兒科學專業起源于2002年臨床醫學兒科專業方向，2016年教育部批準為本科專業，2017年成立兒科學系。現有兒科學本科專業以及兒科學、小兒外科學、新生兒重癥護理碩士學位授權點，是四川省省屬高校中唯一的兒科學碩士學位授權點。2017年、2020年先后與澳門科技大學、暨南大學聯合培養博士研究生。目前是國家級新生兒圍產期專科醫師、兒科住院醫師培訓基地，國家首批小兒血液病定點醫院，四川省小兒外科住院醫師規范化培養基地，四川省出生缺陷臨床醫學研究中心，四川省危重新生兒救治中心、四川省小兒先心病治療定點醫院，四川省殘疾兒童手術矯治定點和負責單位。2004年成功開展四川省首例連體嬰兒分離手術。是四川省醫學會兒科學專業委員會主任委員單位，四川省小兒外科醫師協會候任會長單位。

劉文君、董文斌先后任兒科學系系主任，楊敏任兒科學系黨總支書記至今。全系有教授20人，副教授27人，教師隊伍中90%以上具有碩士學位或博士學位，其中博士9人，碩士76人，博士生導師2人，碩士生導師17人。擔任全國和省市學術團體職務18人，其中，中華醫學會兒科學分會全國委員1人及學組委員4人；中華醫學會小兒外科學會委員2人，肛腸委員1人；中國醫師協會兒科醫師分會、新生兒科醫師分會全國委員2人；中國婦幼協會微創學會委員3人；四川省兒科專委會主任委員1人、副主任委員1人、青委會副主任委員1人；四川省圍產醫學專委會副主任委員1人、委員和青年委員各1人；四川省小兒外科學會副主任委員1人、委員2人；四川省醫師協會兒科醫師分會副會長2人；四川省護理學會兒科護理專委會主任委員1人；四川省小兒外科醫師協會候任會長1人；四川省康復醫學會加速康復外科分會副會長1人。享受國務院特殊津貼的專家2人、四川省學術技術帶頭人3人、四川省學術技術后備人才3人，四川省“天府萬人計劃”天府名醫 1人，四川省衛生健康首席專家 1 人，四川省衛生計生領軍人才2 人、四川省有突出貢獻的優秀專家1人、四川省衛生健康學術和技術帶頭人8人。有5位專家分別擔任《中國當代兒科雜志》《中華實用兒科臨床雜志》《中華新生兒科雜志》《臨床兒科雜志》《中國小兒血液與腫瘤》、《兒科藥學雜志》《解放軍醫學雜志》《西部醫學》《重慶醫學》、《西南醫科大學學報》《國際輸血及血液學》等13種雜志編委。近五年承擔各級科研項目50余項，其中國家自然科學基金2項，國家衛健委基金1項，省部級課題15項;獲四川省人民政府科技進步三等獎1項，四川省醫學科技進步二等獎3項；發明專利4項；主編或參編教材和專著15部。近5年發表論文150余篇，其中SCI收錄60余篇，最高IF7.4分

本系始終圍繞“人才培養”這一根本目標，以本科教育教學質量提升和學科建設為抓手，持續加強兒科學系內涵外延建設。現有在校本科學生585人，全日制碩士研究生59人，全日制博士研究生4人，近10年培養碩士研究生150余人，兒科學專業為五年制一本招生專業。以“崗位勝任力為導向，以人為本、因人施教、兼顧社會需求的個性化人才培養”為辦學理念。開設《兒科學》《小兒內科學》《小兒外科學》《兒童保健學》《小兒傳染病學》《兒科學高級教程》六門專業課程，其中《兒科學》是四川省精品課程。擁有包括西南醫科大學附屬醫院、四川省人民醫院、復旦大學附屬廈門兒童醫院、成都市婦女兒童醫院、綿陽市中心醫院、南充市中心醫院、三峽中心醫院、宜賓市第二人民醫院等八家三級甲等綜合或專科醫院作為實習基地。

本系擁有兒科學、圍產醫學（新生兒學）兩個四川省醫學重點學科；擁有專職科研平臺1個，即四川省出生缺陷臨床醫學研究中心，該中心擁有數據分析工作站、核轉染系統、FISH自動分析儀、熒光定量PCR、超微量分光光度計、熒光顯微鏡、醫用離心機、冰凍離心機、金屬浴、體視顯微鏡、轉膜系統、超低溫冰箱、低溫高速離心機等價值3000余萬元的儀器設備。中心已形成以下科研方向：1.兒童血液遺傳病的基礎與臨床研究，圍繞兒童白血病耐藥與逆轉的基因調控及細胞信號轉導機制形成系列研究；2.圍產兒先天缺陷發生的機制研究；3.從整體和分子層面進行發育源性疾病的基礎研究；4.兒童先天結構畸形與功能缺失的診治研究，圍繞出生缺陷的分子影像診斷、先天性心臟病肺動脈高壓形成與逆轉的細胞信號傳遞機制進行研究。依托四川省出生缺陷臨床醫學研究中心專職科研平臺和省級重點醫學學科培養學術型兒科人才，依托國家級專科醫師、住院醫師規培基地培養專業型兒科人才，依托新生兒重癥護理碩士學位授權點以及兒科、新生兒專科護士培訓基地培養兒科高層次實用型護理人才，成為西南地區重要的兒科人才培養高地。

臨床兒科擁有病床350余張，開設新生兒、小兒血液、心血管、泌尿、神經、急診與重癥、感染與消化、小兒外科以及兒童保健、康復等專科，是川滇黔渝結合部兒童醫學中心。