制藥工程是一級學科化學工程（530）下設置制藥工程（530.64）二級學科（學科分類與代碼GB/T 13745-2009/XG2-2016），為化學、生物學、藥學（中藥學）和工程學交叉的工科類專業，以培養從事藥品研發制造，新工藝、新設備、新品種的開發、放大和設計人才為目標。緊密圍繞以全面提升人才培養質量和科技創新能力為根本目標，以服務區域經濟社會發展為已任，加強科學研究與人才培養，初步形成了一定的辦學特色與優勢。本專業為校級品牌專業建設點，擁有“淮安市特色資源藥用開發與利用重點實驗室”、“江蘇省特色資源開發與藥用研究重點實驗室”等省市級科研平臺，為適應江蘇特色藥用植物、藥用水（海）產、蘇北鹽化工及凹土等特色資源產業開發需求,進行特色資源開發與藥用研究，圍繞區域特色生物新醫藥產業等新興戰略產業，凝練學科研究方向，匯聚創新資源，已形成了區域特色中藥資源開發及藥效物質生物轉化、凹土基藥用功能材料、巖鹽資源藥用開發及藥物中間體制備、藥用殼聚糖及復合材料等四個研究方向。近年來，本專業及相關專業獲得1項國家科技發明二等獎等多項省部級以上獎勵，獲批多項國家自然科學基金，科研經費到款達2000萬以上。