音樂學系籌建于1997年10月，1998年開始招生。其前身為音樂理論教研室（1979年始），承擔全院所有史論公共課的教學，其時所開的課程主要有：西方音樂史、中國古代音樂史、中國近現代音樂史、藝術概論、中國民歌、音樂美學、音樂名作、音樂文學等。教研室成員先后有：崔其焜、關伯基、陳榮喜、許樹堅、趙婉潔、汪波、陳維綸、王潤秋、羅小平、黃虹、吳麗玲、鄧希路、胥遠帆、汪紅珺等老師。
1995年，教研室悉數并入音樂研究所，所長為：羅小平；副所長：周廣平、何平；黨支部書記為：汪波；秘書：汪紅珺、陳宏。除了研究所原有的成員（趙宋光、陳天國、羅德栽、陳安華）外，還先后增加了閆笑雨、潘瀾（2000年調離）、劉大堅、尚紅、周凱模等老師。所內教師依然承擔全院的史論類公共課。
為適應新的文化環境與社會需要，1997年開始籌建音樂學系，并從研究所中抽出部分教師獨立建制，1998年正式招生。主要人員幾乎都來自原來的音樂理論教研室，后來又逐漸增加年輕一代新教師。首任系主任：何平（2005年7月調離）；系秘書：陳宏。2005年7月，由鄧希路繼任；2006年9月，幸祝香出任黨支部書記，2012年由林鐘烈繼任，2015年4月由孫熙然繼任，2017年9月由祁斌斌繼任，現任黨總支書記為蘇雄。現任系副書記兼副主任祁斌斌（主持行政工作）。下設四個研究室：1.西方音樂史教研室；2.中國音樂史教研室；3.民族音樂教研室；4.美學教研室。目前系成員有：黃虹（返聘教授）、王少明（返聘教授）、吳麗玲（返聘教授）、鄧希路（返聘教授）、劉大堅（副教授）、王瀝瀝（副教授）、祁斌斌（副教授）、王學佳（講師）、代宏（講師）、曲文靜（講師）、陳宏（秘書）、王覓（輔導員）劉禹君（博士）、劉青（博士）。

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