日語語言文學系是目前中國具有一定的學術影響與辦學優勢的福建省特色專業，現有專任教師13人，其中教授1人（博導1人）、副教授7人、助理教授5人，講座教授1人，外籍教師4人。以為社會發展培養復合型人才為目標，與日本東京外國語大學、筑波大學、北海道大學等共同推進“3+1”的本科培養模式，學生專業素質獲得社會一致好評。
日語專業：本科階段以培養具有較強綜合素質的復合型日語人才為宗旨，培養學生扎實的語言基礎、分析和解決問題的能力，使其在跨文化交流之際能做到積極表達和溝通。本科教學也重視第二外語——英語的學習，要求學生掌握雙語技能。學生就業途徑廣泛，畢業生主要擔任政府公務員、商貿人員或選擇海外留學等，品學兼優的學生也會被保送到重點院校繼續深造。
本科生專業課程包括：基礎日語、高級日語、日語會話、口譯、高級閱讀、日語聽力、日本文學史、日語寫作、古典日語、漢日翻譯、日本專題研究等，并為全校開設了中外文化比較等全校性通識教育課程。
碩士研究生有學術型碩士、翻譯碩士兩種類型。
學術型碩士研究生有日本古典文學、日本近現代文學、日語語言學、日本文化、翻譯學等研究方向，開設的主要課程有語言學概論、比較文化學概論、日本文化論專著選讀、日本漢學研究、翻譯研究、日語語言學、日本古典文學演習等。
本專業的培養目標是使學生具有良好的學術道德和科學精神、扎實的專業知識、廣泛的學術興趣、獨立的思辨能力，并使學生掌握有效的研究方法。
翻譯碩士分為筆譯和口譯，開設的主要課程有翻譯研究、筆譯理論與技巧、口譯理論與技巧、應用翻譯、文學翻譯、交替口譯、同聲傳譯、語篇分析與翻譯、翻譯與文化、跨文化交際、商務翻譯等。
本專業的培養目標是使學生具有堅實的筆譯或口譯實踐能力、跨文化交際能力。能夠勝任多種題材的翻譯，或學術文化交流、商務等各類場合的口譯。
碩士研究生畢業后主要就職于政府外事部門、各大高校、大型企業、翻譯公司或選擇在國內外繼續讀博深造。