內蒙古醫科大學1978年開始招收研究生，1981年獲得碩士學位授權資格，現有基礎醫學、臨床醫學、中醫學、藥學、中藥學、護理學6個一級學科、47個二級學科碩士學位授權點。2003年獲準成為臨床醫學碩士專業學位培養單位，2009年獲準成為口腔醫學碩士專業學位培養單位，2014年獲準成為藥學、護理碩士專業學位培養單位。從2005年起，先后與北京中醫藥大學、首都醫科大學、天津中醫藥大學聯合培養蒙醫學、中西醫結合、中醫內科學、影像醫學與核醫學、外科學、細胞生物學、中藥學等7個學科的博士研究生。2009年，學校被內蒙古自治區政府確定為自治區博士學位授權立項建設單位。學校率先在全國建立了能夠同時培養本科生、碩士生、博士生層次齊全的民族醫學高等教育體系，形成了現代醫藥學、中醫藥學、蒙醫藥學高等教育“三位一體”的辦學特色。
研究生學院設有綜合辦公室、招生辦公室、培養辦公室、學位辦公室、博士教育辦公室、學生工作（團總支）辦公室6個科室，共有工作人員10名。現有30個研究生培養單位，分布在全區8個盟市。現有研究生導師540名。目前在校研究生1475人，37年來共培養研究生5240人。研究生學院在學校黨政的領導下，堅持以社會為本的辦學宗旨和發展思路，不斷提高服務意識和管理水平。
研究生學院在學校黨委、行政的領導下把“穩步發展學術型研究生教育，大力發展專業學位研究生教育，積極發展在職申請碩士學位教育，重點突破博士建設立項單位”作為一切工作的指導思想，各項工作穩步推進，取得了突出的成績。
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