學院現有13個學系（教研室）、1個國家級實驗教學示范中心、5個功能實驗室。基礎醫學實驗教學中心于2012年被教育部、財政部批準為國家級實驗教學示范中心，2012年學院實驗教學中心與我校生物學實驗中心、化學實驗中心等共同躋身國家級“十二五”高等學校實驗教學示范中心行列。
學院堅持本科教學的中心地位，樹立“知識傳授、能力培養、素質提高協調發展”的教育理念，以學生發展為核心，通過加強師資隊伍建設、教學研究、教學條件建設和教學質量工程建設，堅持走以質量提高為核心的內涵式發展道路。學院教職員工243人，其中教師165人，實驗技術系列61人，國家級教學名師1人、吉林省教學名師3人、吉林省教學新秀1人；病理學國家級優秀教學團隊5個，省級優秀教學團隊4個。學院承擔醫學部18個本科專業或方向的基礎醫學理論與實驗課程的教學工作以及碩士、博士研究生和留學生等多個層次軌道的教學任務。現為本科生開設理論課程59門，實驗課程45門，同時承擔臨床醫學七年制及實驗班基礎科研訓練、大學生創新創業項目及學校開放實驗項目等，每年約有1000余名醫學相關專業本科生在我院學習，年均教學任務為57萬人學時。
為順應國際醫學教育改革發展趨勢，以滿足社會對衛生人才崗位勝任能力需求為著眼點，積極探索具有特色的醫學人才培養模式，提高醫藥衛生人才培養質量。學院不斷深化與完善教學研究與改革，著重加強課程整合、教學方法改革、實驗創新等，著力提升和培養學生的綜合素質、自主學習能力與終身學習能力。努力把基礎醫學院建成“基礎厚、能力強、具創新精神”高級醫藥衛生人才培養的重要基地。